В фильме Они пришли ночью действие разворачивается в 1989 году. История сосредоточена на судьбе Лусии Барреры, которую вместе с близкими экстренно переправляют из Сан-Сальвадора в Майами. Причина столь срочного отъезда заключается в том, что девушка является единственным очевидцем жестокого убийства шести священников-иезуитов. Эти религиозные деятели прибыли в Сальвадор с миротворческой миссией, стремясь положить конец кровопролитной гражданской войне, и стали жертвами расправы. Теперь от свидетельства Лусии зависит не только её собственная жизнь, но и возможность пролить свет на это преступление.