В мультфильме Люди Икс '97 команда супергероев сталкивается с трудным периодом адаптации к жизни после утраты своего духовного лидера, профессора Ксавье. Центральной темой становится внутренний конфликт и поиск нового баланса сил внутри коллектива. Не все мутанты готовы безоговорочно принять лидерство Скотта Саммерса, известного как Циклоп, который и сам испытывает серьезные сомнения и давление от возложенной на него ответственности. Параллельно с этим Джин Грей переживает глубоко личный этап, ожидая ребенка, что добавляет новый эмоциональный слой в динамику отношений и ставит перед героями дополнительные сложные вопросы о будущем. Люди Икс '97 рассказывает о том, как даже самые могущественные защитники борются с уязвимостью, личными драмами и необходимостью сплотиться перед лицом неопределенности в мире, который все так же их боится.